Nel 1957, l’allora Priore Provinciale della Provincia Olandese, P. Brocard Meyer, si recò nelle Filippine in cerca di nuovi orizzonti per l'Ordine Carmelitano in codeste isole. Successivamente, la Provincia Olandese accettò l’invito del vescovo di Dumaguete di assumere la responsabilità pastorale della parte settentrionale della diocesi nell'isola di Negros. I primi Carmelitani, PP. Richard Vissers, Wirenfried Viesters e Theodulph Vraaking, arrivarono nelle Filippine il 16 marzo 1958. In pochi anni l’impegno dei frati fu molto proficuo. Infatti nel 1965 fu inaugurato un seminario a Escalante e alla fine degli anni sessanta i Carmelitani si insediarono anche nelle diocesi di Surigao, Manila ed Iligan.
Anche se gli anni settanta hanno visto le isole Filippine segnate da periodi difficili, i Carmelitani hanno continuato la loro attività nelle parrocchie, nelle scuole, nei collegi e nelle università, così come nei gruppi di azione sociale. Gli anni ottanta hanno visto una fioritura e una crescita numerica di laici associati all'Ordine. Per questo motivo a Manila è stato costruito il Centro Tito Brandsma. Dagli anni novanta lo scopo principale del Commissariato è stato quello di promuovere l'indipendenza dalla Provincia madre. A tale proposito varie strategie sono state avviate per consolidare e organizzare le strutture esistenti.
Nel 2003 la Provincia Olandese ha formalmente chiesto al Consiglio Generale l'erezione del Commissariato Generale delle Filippine, il quale è stato istituito il 16 luglio 2004 con P. Antonio de la Cruz, O.Carm., primo Commissario Generale. Il 19 ottobre 2008 il Commissariato ha inaugurato la missione in Papua Nuova Guinea con i primi tre carmelitani filippini.
Il Commissariato ha 7 case e circa 50 religiosi ed è affidato alla protezione del Beato Tito Brandsma.